L’EPBOMI repose sur un enseignement biblique évangélique baptiste mettant l’accent sur la nouvelle naissance, la sainteté de vie et l’obéissance spirituelle. Cette doctrine s’exprime dans une vie d’église très engagée, marquée par la participation active des fidèles aux cultes, aux prières et aux activités de formation. L’Église valorise des pratiques spirituelles intensives comme la prière et le jeûne, visant la transformation personnelle du croyant. L’ensemble s’inscrit dans une vision missionnaire forte, orientée vers l’évangélisation, la formation de responsables et l’implantation d’églises à l’échelle nationale et internationale.